Pese a la derrota 1-0 en Atenas, el punto conseguido en Mestalla ante el Heerenveen le aseguró el primer puesto. 1979-80 Nottingham Forest F. C. (2) 1-0 Hamburger S. V. Campeón sin extranjeros. En la Liga se alcanzó ya el primer puesto en la jornada 5 y mantuvo una seguridad y un juego constante a lo largo de todo el campeonato, lo que hizo que se proclamara campeón de su 6.º título de Liga el 9 de mayo de 2004 en la jornada 36 en el estadio Ramón Sánchez Pizjuán frente al Sevilla FC, al que derrotó por 0-2 con goles de Vicente Rodríguez y Rubén Baraja. Finalmente fue el segundo máximo accionista, Vicente Soriano, quien llegó a un acuerdo por el paquete accionarial de Juan Soler, el cual nunca llegó a comprar, y nombró un nuevo consejo de administración en el que estaban, entre otros, Fernando Gómez Colomer como Vicepresidente Deportivo, convirtiéndose en el máximo responsable de la parcela deportiva en sustitución de Juan Sánchez. Se contrata a Miguel Ángel Ruiz para ese cargo y se decide la continuidad de Quique Sánchez Flores a pesar de la negativa dinámica interna que estaba llevando el vestuario y de la falta de sintonía entre entrenador y afición.
Luego el encuentro terminó con una agónica victoria en el último instante frente al colista, Huesca, gracias a un golazo de Piccini que hacía pensar en el deseado cambio de dinámica del equipo che. En lo deportivo el equipo consigue el objetivo de volver a la Liga de Campeones al quedar 4.º clasificado, y realiza un buen papel en la Liga de Campeones al superar a AS Roma, Shakhtar Donetsk, Olympiacos FC e Inter de Milán, este último en una disputada eliminatoria cuerpo a cuerpo que terminó con una espectacular pelea al finalizar el encuentro de vuelta en Mestalla que tuvo lugar sobre el césped y en los vestuarios. El 10 de noviembre de 2006 es presentado el proyecto del nuevo estadio de Mestalla que se construirá en la Av. ↑ Rick Glanville (2006). Chelsea Football Club: The Official History in Pictures. La designación de Manuel Llorente no fue exenta de cierta controversia al no conocerse en aquel momento quién exactamente lo designaba presidente sin ser miembro del consejo de administración desde su destitución en 2006 por decisión de Juan Soler. En la Liga hubo otro momento clave para la consecución del título. Sin embargo, el partido de la jornada 17 fue totalmente clave para el futuro del equipo y del entrenador Rafa Benítez.
En la final, que se disputa con el Sevilla FC, un solitario gol del maliense Kanouté evita la consecución del primer título de su historia, pero se clasifica para la Copa de la UEFA al estar el Sevilla FC ya clasificado para jugar otra competición internacional de más rango, la Champions League. El gol fue aplaudido incluso por la grada culé, tras un córner sacado por Ilie que sin dejar caer la pelota Mendieta empalmó un disparo fortísimo que se coló por la escuadra de la portería de Ruud Hesp sin que ni él ni Sergi pudiesen evitarlo. Mendieta adelantaba al Valencia de penalti con el gol más rápido en la historia de las finales de la Liga de Campeones de la UEFA, a los 3 minutos de juego. Copa del Rey cae contra el Sevilla en cuartos de final tras no aprovechar sus ventajas en el marcador y gracias a un gol del equipo andaluz en clamoroso fuera de juego en el partido de ida en Mestalla. Pese a los malos resultados en Liga con el equipo cada vez más cerca de los puestos de descenso, el Valencia va superando eliminatorias en la Copa del Rey ante el Real Unión de Irún, el Real Betis, el Atlético de Madrid y el FC Barcelona en semifinales, consiguiendo así disputar la final de la Copa del Rey el 16 de abril de 2008 en el estadio Vicente Calderón contra el Getafe CF.