De esta forma, se convirtió en el jugador n.º 3000 en marcar en la Bundesliga. Fue el mismo técnico quien trajo a su equipo al jugador francés Nicolas Anelka, quitándole posibilidad a Pizarro de ganar más minutos de juego e intentar consolidarse en el equipo. Gracias a la buena campaña realizada, Claudio fue considerado el jugador revelación de la temporada. En la siguiente temporada pierde la final de la copa alemana frente al Bayern de Múnich pero consigue un lugar en la Recopa de Europa de la temporada 1969-70. En esta copa llegan a las semifinales, pero allí quedan eliminados contra el Manchester City. Gracias a esto, su club logró tomar el segundo lugar en la primera mitad del campeonato, y el club alemán Werder Bremen se interesó por el delantero. A día siguiente, el delantero se trasladó al “Bremen” por 1,7 millones de dólares. Al día siguiente, su padre anunció que Claudio había decidido fichar por el Bayern de Múnich a la cadena ESPN. Si tuviéramos que disputar la eliminatoria a día de hoy, viendo la clasificación de ambos equipos podríamos hablar de un duelo de Champions y realmente igualado.

El escenario fue el mítico Estadio de Wembley con goles de Mario Mandžukić y Arjen Robben en los últimos minutos el Bayern de Múnich conquistó su Champions League número 5. Claudio Pizarro fue uno de los más felices tras salir campeón de la Champions League. Su actuación en el equipo alemán dio un saldo positivo al marcar 17 goles en 26 partidos jugados. Por eso es que dije lo que dije cuando dejó Alianza y se fue a Alemania, que el equipo perdía más del 50% de su capacidad ofensiva y que ahora iba a ser mucho más difícil campeonar. En 1999, Claudio anotó 18 goles en 22 partidos para Alianza. Su debut no pudo ser más auspicioso, ya que anotó su primer gol con el equipo bávaro apenas a los cuatro minutos de iniciado el encuentro ante el Schalke 04 por la segunda fecha de la Bundesliga 2001-2002. Durante esa temporada, logró convertir 15 goles en la Bundesliga y 4 en la Liga de Campeones de la UEFA. El ‘Bombardero’ es el segundo peruano en alzar la Liga de Campeones (Ex Copa de Europa) junto a Víctor Benítez. Ésta fue la transferencia de mayor especulación del fútbol peruano. Después de fusionarse con el Münchner Sportclub en 1906, el Bayern se trasladó en mayo de 1907 al estadio del MSC, el Leopoldstraße.

El 20 de mayo de 2007, Bayern de Múnich anunció que Pizarro dejaría el club. Jugadores como: Terrence Boyd, Daniel Hanslik, Muhammed Kiprit, René Klingenburg, Julian Niehues, Boris Tomiak, Jean Zimmer, Mike Wunderlich y Lucas Röser; fueron adquiridos para mejorar el nivel ofensivo del club. Bellingham. “Llegué al club como un muchacho talentoso, pero he agregado elementos a mi juego que lo han llevado al siguiente nivel y creo que eso es lo mejor”, terminaba. En la temporada 2008-2009, Pizarro acumuló 28 goles en 46 encuentros, de los cuales 7 los marcó a nivel continental. FC Twente se convirtió en el máximo goleador de la UEFA Europa League 2009-10, con 9 goles anotados en solo 8 partidos, superando en promedio al paraguayo Óscar Cardozo, que también anotó 9 goles pero en 12 partidos jugados, convirtiéndose así en el primer futbolista peruano en obtener este galardón. El Bremen anunció impediría que Pizarro se trasladara a un club más grande, intensificando la disputa por los servicios del delantero peruano. Posteriormente fue vital en el triunfo de su equipo por 3-2 sobre el Hamburgo, marcando un gol, con lo que el Bremen logró el billete a la final de la Copa de la UEFA, que finalmente perdió frente al Shajtar Donetsk en Estambul.

Tuvo una buena actuación en su debut en la final de la Supercopa de Inglaterra en el mítico estadio de Wembley, ya en su debut en la Premier League, marco su primer gol para el equipo inglés. El 13 de agosto, Pizarro disputó su último partido con Alianza, donde su equipo perdió ante Sport Boys con el marcador de 1-2, donde marcó el único gol del cuadro grone. «Al-Khelaïfi: “Es una decepción muy grande, necesitamos calmarnos y pensar cómo mejorar el equipo”». Una asistencia desde la derecha del capitán Philipp Lahm fue rematada por Bastian Schweinsteiger para dar el título a su equipo a los 52 minutos. Posteriormente, se confirmó en la página oficial del club su contratación, siendo el cuarto fichaje del Bayern para la temporada 2012/2013. El 30 de marzo de 2013, en un partido contra el Hamburgo S.V., Pizarro logra anotar cuatro goles y dos asistencias para una abultada goleada por 9-2 a favor del equipo muniqués.